深圳技术大学医工交叉创新研究院实行敏捷化运作模式，由大学负责总体发展战略和管理，创新研究院负责运营。下设行政办公室，负责行政事务和日常运营；服务办公室，负责对接产业、资本和需求，并建设医疗器械可用性评估平台以及医疗检测服务平台等公共服务平台；设协同办公室，负责对接各类产学研机构和平台。确定四大发展方向，包括：高端医疗装备、智能助力助老助残装备、医疗大数据与医疗信息系统、跨尺度诊疗装备与系统等。